臥式裝盒機在制藥工業應用中有著其特殊性一面。按《藥品GMP認證檢查評定標準》4603條款規定：印有與標簽內容相同的藥品包裝物，應按標簽管理。也就是說，藥品外包裝盒的管理與標簽等同?；谒幤吠獍b盒的特殊性也延伸了應用在制藥工業裝盒機的特殊性。其特殊性：
(1)臥式裝盒機要插入藥品說明書；
(2)紙盒宜隨機打印生產日期、產品批號、有效期等(如特殊藥品的監管碼)；
(3)裝盒的計數統計(應符合《藥品GMP認證檢查評定標準》4703條款中計數發放要求)；
(4)對內包裝藥品質量檢查；
(5)能適應換批/次的要求。對其它用途裝盒機而言這幾個特殊點均不需全部達到。
臥式裝盒機的形式與分類
(1)臥式裝盒機按被包裝物進入紙盒的方式可分為臥式與立式。其中，以被包裝物水平方向推入紙盒的機型稱為臥式，被包裝物垂直方向進入紙盒的機型稱為立式。目前以臥式居多。
(2)按zui終紙盒封合形式可分插舌式、膠粘式、混合式、加標貼、展開式、自鎖式等。
(3)按被包裝物的形狀可分為板狀(如泡罩包裝)、瓶狀、軟管狀、異形等。
(4)臥式裝盒機按被包裝物的規格可分為單件、雙件、多件、組合件(如1支抗生素瓶粉針+1支安瓿水針)等。
臥式裝盒機在藥品后道外包裝生產線的作用
藥品后道包裝是指出潔凈區域后的成品包裝，在現代制藥工業中藥品后道包裝生產線的主要組成和工序。
藥品后道包裝生產線的主要設備由裝盒機、枕形包裝機、熱收縮包裝線、裝箱機、封箱機、打碼機和打包機等，伴隨此線輔助設備還整理堆垛類、轉位或連接類輸送帶裝置、中間處理裝置以及檢測控制裝置等輔助裝置。可以說，裝盒機是整線的基礎，也是實現現代制藥后道包裝生產的必須。
臥式裝盒機在制藥工業應用中所面臨的問題，藥包材的成本與裝盒機對紙盒要求的矛盾
隨著這幾年國家多次對藥品的降價與藥品市場競爭的劇烈，以至藥廠更為關注生產成本，在降低藥品成品的各個環節中，作為中包裝的紙盒成本倍受人們關注，哪怕是一個紙盒能省0.5分的話，對批量生產來說也是一筆可觀的成本開銷。若采用手工裝盒操作的話，對紙盒質量要求較低，同時其尺寸較緊湊，這二特點會使一個紙盒至少省去0.01-0.02元。然而，一旦用裝盒機就會對紙盒與說明書會提出更高要求，且紙盒尺寸比手工裝盒要大。